南京理工大學在職研究生畢業時需要通過的考試科目因報考方式和專業不同而有所差異。以下是主要考試科目的總結：

1. 同等學力申碩方式

結業考試：完成課程學習后，需參加結業考試，考試科目主要為所學課程內容，以筆試形式進行，成績合格即可通過。

申碩考試：

外國語水平考試：考生可從英語、俄語、法語、德語、日語中任選一門，考試內容包括口語交際、詞匯、閱讀理解、完型填空、短文完成、英譯漢及寫作等。

學科綜合水平考試：根據報考專業而定，部分專業可能免考專業課。

2. 非全日制研究生方式

初試（全國統考）：

管理類專業（如工商管理、公共管理等）：考試科目為《管理類聯考綜合能力》（含數學、邏輯、寫作）和《英語（二）》。

非管理類專業：考試科目通常包括思想政治理論、外國語（英語或其他語種）、業務課一和業務課二，部分專業可能涉及數學。

復試：

復試由院校組織，考試科目通常包括專業課筆試、綜合素質面試、英語口語及聽力測試。管理類專業還需加試思想政治理論。

如果需要更詳細的信息，可以參考南京理工大學官方招生簡章或咨詢相關院系。或者也可以咨詢南京理工大學在職研究生招生信息網老師。